За результатами проведення Шіснадцятої міжнародної виставки "Інноватика в сучасній освіті" 23-25 жовтня 2024 року Вінницька обласна станція юних натуралістів нагородженна Золотою медаллю, Дипломом та Почесною грамотою в категорії "Педагогіка гри в освітньому процесі: інноваційні практики"
Заклад орієнтується на європейську модель розвитку, активно залучається до інновацій, сміливо іде на експеримент. Відповідно до завдань на всіх напрямках еколого-натуралістичної діяльності заклад впроваджує регіональну програму мережі закладів позашкільної освіти.
Серед інноваційних форм організаційно-методичної роботи продовжує діяльність навчально-методичний стаціонар, яким охоплено п'ять тисяч педагогів різних категорій області, студентської молоді.